25 km syd-vest for Heraklion er den smukke kystby Agia Pelagia. Denne lille landsby med en befolkning på 430 indbyggere tager sit navn fra den lokale kirke, som er placeret i klostret, ruinerne af som er tæt på landsbyen. Agia Pelagia er en dejlig beskyttet bugt med sandstrande, små bugter og havblik.
I de senere år er det blevet en hyggelig og velorganiseret turistby med mange faciliteter for besøgende.
De seneste udgravninger i og omkring landsbyen, resulterede i Minoan og hellenistiske resterne af en stor rektangulær bygning, der daterer mange århundreder tilbage før Kristus. Det antages, at Agia Pelagia kan i stedet for den gamle Apollonia være. I oldtiden blev området kendt som Panormus. Interessante steder at besøge er de post-minoiske grave og universitetet bygningen (Pritanion) fra det 4. århundrede f.Kr.. Disse resultater styrker teorien om, at dette var stedet for den antikke by Apollonia. Tæt ved er også hulen kaldet Evresi hvor, efter sigende, var ikonet for Agia Pelagia fundet.